Se conformó como una instancia de investigación y reflexión con el propósito de contribuir a las transformaciones económicas y sociales que demandaba el fin de una larga guerra y el inicio de un período de paz.
Desde su nacimiento, la FUNDE definió con claridad el horizonte de esas transformaciones: en beneficio de los sectores excluidos, desposeídos y vulnerables de la sociedad salvadoreña.
En sus primeros años, con sus escasos y limitados recursos, la FUNDE emprendió la ardua tarea de dotarse de los recursos e instrumentos técnicos, así como de los marcos teóricos-metodológicos que le permitieran adentrarse con seriedad en el complejo campo de las investigaciones del desarrollo, dando una importante definición al carácter y sentido de nuestra labor investigativa: la investigación debería estar fundamentalmente orientada a la formulación de propuestas de políticas de desarrollo socioeconómico..
Desde entonces hasta nuestros días, ese proceso de construcción institucional se ha venido desarrollando y se ha convertido en una tarea permanente, asimismo, la FUNDE ha estado presente en espacios de discusión estratégica del país, en la construcción de alianzas y coaliciones ciudadanas, generando opinión y aportando a la democracia y el Estado de Derecho.
Todo ello sin dejar de lado su aporte académico al entendimiento de los problemas del país y la búsqueda de alternativas a la pobreza y exclusión. Las publicaciones e investigaciones que desde la FUNDE se realizan, siguen siendo importantes puntos de referencia para analistas, investigadores y tomadores de decisiones en el país.
En sus años de trabajo, la FUNDE con sus esfuerzos y apuestas por el desarrollo del país , se ha podido mantener y desarrollar sobre la base de varios ingredientes: ponderación y equilibrio, mente amplia, seriedad y entrega, trabajo de equipo, visión de largo plazo, flexibilidad y capacidad de renovación, ética y transparencia, sensibilidad social.
